陕西省水土保持生态环境监测中心设8个内设机构：
| 序号 | 名称 | 职能和职责 | 负责人 | 电话 |
| 1 | 办公室 | 承担中心综合事务工作的归口管理工作；协助中心领导对政务、事务等有关工作进行综合协调、督查督办，统筹中心日常工作；负责公文处理、政务信息、政务公开、电子政务、档案、保密、机要、印章等管理工作；负责中心召开或承担的综合性会议和主任办公会议等重要会议的组织筹办工作；负责组织综合性文稿和重要文稿的起草工作；负责群众来信来访接待、交办、处理等工作；负责资产管理和办公用品采购、保管、发放等工作；负责公务接待、车辆调配等后勤保障工作；承担安全生产、平安陕西建设等安全保障工作；完成中心领导交办的其他工作。 | 孙 阳 | 029-85936025 |
| 2 | 人事科 | 制定干部队伍建设规划及人力资源发展规划；负责落实人事、机构改革任务；制定中心人事管理规章制度并监督实施；负责中心人才引进、职称职级评聘等管理工作；负责制定中心干部培训计划并组织实施；负责中心人事档案管理工作；负责组织中心单位、科室、个人考核工作；负责制定中心绩效激励制度建设和劳资管理工作；负责中心养老保险、医疗保险、住房公积金等社保工作；完成中心领导交办的其他工作。 | 尤亚楠 | 029-85936051 |
| 3 | 财务科 | 贯彻执行《政府会计制度》《政府会计准则》及国家有关法律、法规和规章制度；建立健全财务管理制度并监督实施，落实财务人员岗位责任制，做到人人有专责、事事有人管、工作有检查；负责年度财务预决算、部门财务报告的编制、上报及公开等工作，组织分解细化预算资金的分配方案并监督实施；负责预算执行的审核及核算，合理控制使用资金，承担项目建设资金监督管理；负责CA电子签章、银行账户、公务卡管理，按时发放工资、各类社保缴费和个人所得税申报工作；负责组织政府采购项目计划与预算编制，指导监督政府采购工作；负责国有资产使用监督工作，组织固定资产建账登记、计提折旧、资产清查等管理工作；负责财务文件、会计凭证、账簿、报表等财务档案的整理和归档工作；负责财务内控管理，配合做好相关审计工作；完成中心领导交办的其他工作。 | 刘 英 | 029-85936053 |
| 4 | 规划科 | 承担全省水土保持相关规划编制工作；承担主要江河流域水土保持综合治理规划和专项规划编制工作；承担全省水土保持重点工程咨询、实施方案等有关技术支撑工作；参与水土保持规划实施情况考核评估有关技术支撑工作；负责组织中心项目谋划、任务书、实施方案编制和项目申报工作；承担中心年度项目投资计划的编报、执行、统计等工作；负责组织中心工程资金、专项资金等绩效评价工作；承担全省水土保持小流域划分成果管理、复核等事务性工作，开展生态清洁小流域治理的范围核定的技术支撑工作；承担全省水土保持空间管控划定成果管理、复核等事务性工作，并监督落实；完成中心领导交办的其他工作。 | 郝惠莉 | 029-85936057 |
| 5 | 监测科 | 负责全省水土流失普查及水土流失动态监测工作；组织全省水土保持监测站网建设和运行管理工作；负责全省水土保持监测业务培训与技术指导；负责全省构建水土保持监测评价体系，承担生产建设项目水土保持监测成果认定并组织实施；承担重点区域、重要流域水土保持监测工作；组织水土保持重点工程的水土流失防治成效监测评价；负责全省水土保持监测站点的监测成果评价认定，并定期组织汇编工作；承担重大水土流失事件的应急监测；承担全省水土流失动态监测报告编制工作，参与编制全省水土保持公报；完成中心领导交办的其他工作。 | 王传明 | 029-85936062 |
| 6 | 技术科 | 承担中心技术工作的归口管理工作；承担水土保持有关政策法规、技术标准的研究、起草和评估工作；参与重大生产建设项目水土保持违法行为查处的技术支撑工作；参与重大水土流失违法行为的调查和分析评估工作；承担水土保持对策方法及基础技术研究工作；承担水土保持服务体系建设工作；承担水利科技项目实施、推广，组织中心水利科技工作；负责与中心相关的社会团体（学会、协会等）的联系协调工作；开展水文化研究, 承担水土保持文化宣传教育、活动策划等工作；完成中心领导交办的其他工作。 | 杨 恺 | 029-85936069 |
| 7 | 信息宣传科 | 负责办公网络、信息化设备的运行维护及信息技术支撑；负责中心信息化工程建设管理和运行维护；负责水土保持数据库建设与维护工作；负责中心网络信息安全工作；负责数据资源体系建设，并组织实施；负责宣传和信息报送等工作；负责网站、微信公众号等新媒体的建设、管理、运行等工作；承担中心各类视频会议的连接、调试和过程维护工作；承担对各类舆情信息预警、分析应对的工作任务；完成中心领导交办的其他工作。 | 张 岩 | 029-85936026 |
| 8 | 党群办公室 | 负责习近平新时代中国特色社会主义思想主题教育常态化管理工作；负责中心党建和党员管理、党员发展等工作；负责开展党建与业务深度融合，以党建工作促业务发展，发挥支部战斗堡垒作用；负责中心纪检监察工作，开展行政监察、反腐倡廉、违纪案件查处等工作；负责中心精神文明建设工作；负责工会的组织建设，组织中心工会日常工作；承担共青团和妇联工作；负责中心退休人员服务管理工作；承办党员大会、工会大会和共青团会议的组织工作；完成中心领导交办的其他工作。 | 董洪平 | 029-85936071 |